
Desde sus inicios como futbolista el Toro ha sido afectado por las lesiones, con la primera siendo una fuerte lesión en la rodilla. Cuando era jugador de Racing de Montevideo sufrió una rotura de ligamento cruzado por lo que se perdió prácticamente un año, pero sólo 27 partidos del conjunto uruguayo.
Dos años más tarde el delantero decidió someterse a cirugía en la rodilla por lo que se perdió otros 27 partidos y estuvo fuera 266 días. Tras la operación, Fernández tardó en reponerse y la falta de acondicionamiento lo llevó a quedar fuera de otros seis encuentros.
En los siguientes cuatro años, el delantero se mantuvo relativamente sano. Durante su tiempo con Peñarol, Celta de Vigo y Zaragoza sólo se ausentó 11 partidos por seis lesiones distintas, la mayoría de ellas siendo en los tobillos.
Ya en México, siendo jugador de Juárez regresaron las lesiones y en una sola temporada fue baja el mismo tiempo que en los cuatro años previos. El Toro tardó casi 80 días en volver a jugar con el conjunto fronterizo.
Con Pumas, el uruguayo tuvo un año sano, sin embargo, en sus primeros partidos con Cruz Azul sufrió una nueva rotura de ligamento y terminó perdiéndose 32 partidos con el equipo. Estuvo fuera de acción alrededor de 250 días